Los Orígenes de la actual Respetable Logia Unión Fraternal No.2 se remontan al 8 de Noviembre de 1891 cuando doce Francmasones residentes en la ciudad portuaria de Limón , cinco de ellos costarricenses, se reúnen y fundan la Logia Unión Fraternal, nombre que honra la fuerte hermandad existente entre todos los masones, representada por una Cadena de Unión Universal.
El gran desarrollo económico que había experimentado la Ciudad portuaria de Limón debido a la Construcción del Ferrocarril al Atlántico
había hecho que varios Francmasones costarricenses y extranjeros se hubieran establecido en dicho Puerto caribeño.
Estos masones establecidos en Limón solicitan una carta patente al Supremo Consejo Centroamericano radicado en Guatemala para poder
iniciar sus trabajos debido a la gran distancia que suponía en aquel tiempo la separación geográfica entre Limón y San José, donde funcionaba por aquellos años la otra única Logia activa en Costa Rica.
Así que para el simbólico día 24 de junio (Conmemorativo de San Juan Bautista, Patrono de la Masonería) de 1892 recibe esta Logia la Carta Constitutiva de parte del Supremo Consejo Centroamericano, otorgándole el nombre de Unión Fraternal No.9. La Logia tiene su primera sede en un hermoso y antiguo local sobre pilotes en la costa, que había servido en sus principios como sede del primer hospital de la ciudad limonense, dicho edificio había sido construido por la Compañía constructora del Ferrocarril al Atlántico del Sr. Minor Cooper Keith. (Dicho edificio desaparece finalmente en el terremoto de Limón del 22 de Abril de 1991). El día 7 de Diciembre de 1899 varios masones y dignatarios de las cuatro Logias activas del país (Regeneración No.6, Unión Fraternal No.9, La Luz No.12 y La Libertad No.15) fundan la Gran Logia de Francmasones Antiguos y Aceptados de la República de Costa Rica y decretan una nueva numeración para estas logias fundadoras, dándole así a esta Logia, Carta Patente de la Gran Logia de Costa Rica con el nombre de Unión Fraternal No.2
Después de décadas de trabajar en la Provincia de Limón, en el año 2011 se suspenden los trabajos de este taller en esta provincia costeña y se lleva la Logia para la provincia de San José.
En el año 2017 varios Francmasones de diferentes logias del Gran Área Metropolitana impulsan un proyecto de reinicio y fortalecimiento de este centenario e histórico taller fundador de la Gran Logia de Costa Rica. Hoy en día la Respetable Logia Unión Fraternal No.2 es un taller pujante y pleno de unión fraternal, cualidad que lo caracteriza. Después de décadas de trabajar en la Provincia de Limón, en el año 2011 se suspenden los trabajos de este taller en esta provincia costeña y se lleva la Logia para la provincia de San José.
El Escudo de nuestra Logia está conformado por dos manos en gesto de efusivo apretón de unión fraterna, simbolizando la hermandad de sus miembros, gesto inscrito entre el Compás y la Escuadra, ambos de color azul en referencia a la masonería simbólica, símbolos característicos y antiquísimos de la Orden Iniciática Masónica, los cuales a su vez se ubican sobre una esfera amarilla que simboliza el Astro Solar que nos otorga su Luz Vital.
Además presenta su nombre escrito sobre un círculo rojo, color representativo del Rito Escocés Antiguo y Aceptado. Se puede apreciar también el año de su fundación (1892) y en la parte superior una Estrella dorada, fuente de Luz, símbolo del Espíritu, Centro del Universo.