Posteriormente, con la creación del Gran Oriente de Centro América, se cambió la numeración a Respetable Logia Simbólica Caridad Nº1 con lo cual se le reconoció el haber iniciado el camino de la masonería centroamericana; sin embargo unos años después, la logia fue cayendo en un letargo en parte por la persecución a la masonería de la época y a la marcha de los miembros hacia nuevos talleres masónicos que iban apareciendo por lo que la Logia Caridad Nº1 cerró sus puertas hasta su reapertura en 1963, esta vez bajo la dirección de la Gran Logia de Costa Rica, razón por la que fue reconocida con el Nº16 tal y como persigue con sus trabajos en forma ininterrumpida hasta la actualidad.