Nos referimos a la masonería y el liberalismo. De hecho, el museo recibe su nombre del profesor Rafael Obregón Loría, fundador del mismo y organizador de numerosos estudios sobre la historia de Costa Rica, además de Gran Maestro de la Logia Masónica del país. Entre otros objetos, en el museo se exponen documentos relacionados con las sociedades secretas liberales y el importante papel que jugaron a partir de 1870, cuando se inició en Costa Rica una profunda reestructuración del Estado. También conviene fijarse en el óleo que representa la figura de un miembro del obispado costarricense, con numerosos signos masónicos.