En ese año, la propiedad cercana al Museo Nacional donde se había construido el Templo Masónico fue vendida al Gobierno de la República. Además, una de las pocas logias activas en ese momento, la logia Unión No.19, había suspendido sus trabajos en medio de un aparente cisma que generaría que el Gran Oriente Centroamericano fuera trasladado a Guatemala. Estos hechos provocan que las actividades masónicas lleguen a una suspensión total a mediados del año 1887.
No obstante, poco más de un año después, un grupo de masones entusiastas se reúnen en San José y deciden fundar una nueva logia. Esta logia es llamada Regeneración, deseando simbolizar el renacimiento de la Masonería en Costa Rica. La reunión se lleva a cabo el 11 de noviembre de 1888. La creación de esta nueva logia le daría un nuevo impulso a las actividades masónicas en el país. En la fundación de la misma participaron los señores Rafael Odio, Rafael Carranza, Tranquilino Chacón, Julián Cornejo, Manuel Aldaya, Leoncio y Constant Audrain, Celedonio Loynaz y Ricardo Nanne.
La logia Regeneración no se reuniría sino hasta el 2 de febrero de 1889, cuando Ricardo Nanne regresa de Guatemala con la Carta Constitutiva de la logia aprobada y con el número 6 asignado. Posteriormente, alquilan el piso inferior de la casa del señor Gregorio Richmond para efectuar sus reuniones. El 7 de mayo siguiente, la nueva logia Regeneración No.6 inicia a su primer aprendiz llamado Genaro Rucavado. La instalación oficial de la logia se efectuó el día 13 de mayo de 1889, a la cual asistieron muchos antiguos masones costarricenses y como invitado de honor se contó con la presencia de don Bernardo Soto, masón grado 18 y presidente de la República en ese momento.
Posteriormente, la Logia Regeneración No.1 será una de las 4 Logias fundadoras de la Muy Respetable Gran Logia de Costa Rica en 1899 junto a la Unión Fraternal No. 9, La Luz Lodge No. 12, y Libertad No. 15, y a partir de este momento se cambia su número por el 1.